Mercadona gestiona para el aprovisionamiento de sus supermercados una red compuesta por 16 bloques logísticos, 2 almacenes satélites y 2 reguladores, que suman más de 1,4 M m2. Para el comercio online dispone de otros cinco almacenes "colmenas" actualmente en activo en Madrid, Barcelona, Valencia, Sevilla y Alicante. En toda la división logística trabajan 12.000 personas, el 12% de la compañía.
Durante 2022, la compañía rebajó la intensidad inversora, un año de alta inflación y tipos de interés. En ese año, tal y como publicó Alimarket Logística, la distribuidora destinó 129 M€ a nuevas instalaciones de almacenaje, lo que supone un 31% menos que los 170 M ejecutados el ejercicio previo. A grandes rasgos, ese año Mercadona concentró sus proyectos en un nuevo bloque en Almeirim (Portugal), el avance del megacomplejo de 'Parc Sagunt' (Valencia), y la modernización de su nave de Riba-Roja (Valencia), principalmente. Asimismo, para mejorar el servicio en su venta online, puso en marcha dos nuevos almacenes especializados ("colmenas") en Alicante y Sevilla, con unos 14 M de inversión en cada uno, y está actualmente desarrollando la construcción de otro en Boadilla del Monte (Madrid).